Зголемувањето на температурата во Охридското Езеро може да има погубно влијание, но покритично е со Преспанското Езеро
Зголемувањето на температурата на водата во Охридското Езеро долгорочно може да има погубно влијание врз живиот свет, флората и фауната, но и врз копнените екосистеми Истражувањата во последните години покажуваат дека има релативен пораст на просечниот годишен температура на водата на езерото за 0,2 степени, што зад себе ќе остави негативни последици, но состојбата со Преспанското Езеро е многу полоша поради повлекувањето на водата.
Климатските промени, како резултат на несовесното однесување на луѓето, нанесуваат големи штети на двете езера, но најзагрозено е Преспанското Езеро.
Инаку, покрај климатските промени, езерата се изложени на испуштање канализација, загадување, неодржлив риболов и губење на живеалиштата.