Железницата имала клучна улога во плановите на Сталин. Тој мораше да ги евакуира владините службеници во случај на нуклеарен напад.

Жителите на Москва го користат метрото секој ден и да бидат под земја е сосема обичен настан за нив, но има и друга страна на метрото за која малку се знае. Дури и при дизајнирање на неговите правци, инженерите работат на тајни линии. За време на изградбата на втората линија, отворена во 1937-1938 година, постои проект на станицата Советска, која се наоѓа помеѓу станиците Плоштад Свердлов (Театар) и Мајаковскаја.

Сталин одлучи да ја опреми Советскаја за подземен државен штаб за одбрана. Станицата не е ниту отворена, бидејќи растојанието помеѓу станиците е големо, но во 1979 година, по отворањето на станицата Тверскаја, растојанието помеѓу станиците беше поделено на два дела.

Изградбата на тунелот Арбат-Покровска започна пред војната и тоа е врска помеѓу Кремљ и бункерите на Сталин. За време на изградбата на метрото, се планираше изградба на стадион под кој ќе се опреми бункер за Сталин со пристап до трибините. Изградени се два тунели за автомобили, едниот до Кремљ, а другиот до метро станицата Саколџики. Од станицата Измаиловски Парк има и пат до бункерот. Сличен тунел долг 37 километри води до дачата (резиденцијата за одмор) на Сталин во Кунчево.

За време на бомбардирањето на Москва во јули 1941 година, метрото се користеше како засолниште од бомбите. Сталин нареди да му се изгради таков бункер во Кунчево на длабочина од 15 метри. Неговиот влез е невидлив, едноставна врата со шифра и скали. Сталин не се симна по скалите, туку користеше лифт што го поврзуваше неговиот бункер со дачата. Неговата внатрешност е исклучително раскошна, зидовите се направени од мермер, паркетот и sидовите на канцеларијата се од даб, а во средината има маса.

Од метро станицата Булеварска револуција до Киев, на 5 април 1953 година на голема длабочина беше предвидена тајна рута, која беше изградена за две години. Потоа беше направен тунел од станицата Киевска до Паркот на победата. Тајната линија на метрото за првпат беше откриена само во 80 -тите години на минатиот век. Првото објавување во медиумите датира од 1992 година во весникот Аргументи и факти. Темата за тајната линија на метро се отвара 1992 година во списанието Огањок, кога се кажува за прв пат името Метро-2.

Тајната линија Метро-2 во советско време беше наречена Д6. Многу текстови што влијаат врз легендите на метрото се посветени на оваа тема. Приказните на оваа тема беа запрени во 1993 година. Нема официјално потврдена информација за постоењето на Метро-2 и нема тајни шеми на метрото. Аретими Лебедев успеа да собере информации и да направи приближна шема. Во книгата Московскиот митрополит од 1954 година, тој напиша за петтата линија на метрото. Ситуацијата со метро станицата Фруженска е нејасна, бидејќи станиците Фруженска и Спортивна се наоѓаа таму каде што беше планирано, но подземниот дел не е изграден.

Станицата на Универзитетот беше планирано да се изгради веднаш до главната зграда на Московскиот државен универзитет, но во 1950 година беше одлучено нешто друго. Паралелно со тунелот помеѓу метро станицата Спортивна и „Универзитет“, од левата страна, има уште еден тунел со голема надолнина, кој завршува со врата. Оваа врата се смета за единствена што ги поврзува московското метро и Метро-2.

Во 2014 година, станицата Тропарево беше отворена, а во близина на неа има шахти за вентилација. Академијата на Генералштабот има пет ката, но повеќето се под земја. Се верува дека шахтите биле користени за влез во Метро-2. Постојат гласини дека во 80-тите години на минатиот век линијата била продолжена до тогашниот владин аеродром Внуково-2.

Во предградијата на Москва во 1987 година беше изграден комплекс на згради Нови куќи за работници кои градат тајна линија на метрото. Почна да се користи во 1987 година, долга е 60 километри, со следните станици: Кремљ, потоа на југ паралелно со автопатот Варшава, до пансионот Бор, каде што се наоѓа резервниот пунк на Генералштабот.

Најмистериозна е четвртата линија на Метро-2. Речиси и да нема информации за неа. Најверојатно започнува во областа на метро станицата Смоленска, преку паркот Победа и води до бункерот кај Барвиха. Се тврди дека Метро-2 е контролирана од КГБ, а по распадот на СССР е контролирана од ФСБ. Целиот систем на метро линии е подлабок од Паркот на победата (длабочината на оваа метро станица е 80 метри). Вкупната должина на линијата е 150 километри. Нејзина главна функција е евакуација на владини претставници во случај на нуклеарен напад. Метро-2 се користи за превоз на стоки и луѓе во мирнодобски услови.